L'applicazione del sistema HACCP può essere estesa a tutta la catena alimentare di un prodotto:

• coltivazione o allevamento

• raccolta o macellazione

• trasformazione

• preparazione per il consumo finale

L'applicazione del sistema alle varie fasi permette di mantenere sotto controllo il prodotto durante una lunga serie di passaggi e per questo richiede una grande flessibilità da parte di chi lo applica.

Il sistema dovrebbe essere applicato già in fase di pianificazione e sviluppo del prodotto per poter ottenere l'eliminazione dei potenziali pericoli dai processi che compongono la catena alimentare di produzione.

Per sviluppare un piano di controllo è basilare specificare prima quale deve essere lo scopo della sua applicazione, definendone anche il suo punto di inizio e quello di arrivo.
Inoltre deve essere individuato quale tipo di pericolo (biologico, chimico, fisico, ecc.) si vuole mantenere sotto controllo.

L'applicazione del sistema HACCP richiede la definizione dei seguenti punti:

• Formare un gruppo di lavoro
• Descrivere il prodotto
• Identificare la destinazione d'uso
• Costruire il diagramma di flusso (flow-chart)
• Verificare il diagramma di flusso sul posto
• Elencare tutti i pericoli connessi ad ogni fase e considerare tutte le misure preventive per il loro controllo
• Individuare dei punti di controllo
• Individuare dei limiti critici
• Stabilire un metodo di monitoraggio dei punti critici
• Determinare le azioni correttive
• Stabilire le procedure di verifica
• Individuare dei dati e dei documenti da conservare
• Realizzare il piano HACCP
• Riesaminare il piano HACCP